Quando si esegue il comando Salva configurazione dal menu Equation EditorFile, in Windows viene scritto il file apteqn.cf oppure in UNIX viene scritto il file .apteqn.cf nella directory Application Data. Si tratta della directory in cui il sistema operativo memorizza i dati specifici dell'utente. In Windows, si tratta in genere della directory C:\Document and Settings\user_name\Application Data\PTC\Arbortext\Editor.

È possibile modificare i valori default di sistema creando un file apteqn.cf con i valori default desiderati e salvandolo nella sottodirectory custom\lib di percorso Arbortext.