I comandi rilevati nel file apteqn.cf controllano l'aspetto di Equation Editor e della tavolozza, determinano il formato e l'aspetto dell'output, oltre a stabilire le mappature dei tasti. Le impostazioni per Equation Editor sono definite in un file di configurazione a livello utente o sistema. È possibile personalizzare la visualizzazione di Equation Editor creando un file apteqn.cf che viene memorizzato a livello utente.

In fase di avvio, Equation Editor cerca nella directory Application Data un file denominato apteqn.cf. Si tratta della directory in cui il sistema operativo memorizza i dati specifici dell'utente. In Windows, si tratta in genere della directory C:\Document and Settings\user_name\Application Data\PTC\Arbortext\Editor.

Equation Editor scrive un file di configurazione nella directory principale la prima volta che si seleziona Salva configurazione dal menu File. Successivamente, Equation Editor si basa sul file della directory dei dati dell'applicazione. Il relativo percorso viene visualizzato sulla barra di stato della finestra di dialogo di Equation Editor. Se vengono apportate modifiche al file di configurazione a livello di sistema una volta che il file in uso è stato creato, non sarà possibile accedere a tali modifiche senza rimuovere o aggiornare il file apteqn.cf nella directory dei dati dell'applicazione.

Questo file di configurazione è valido solo per l'utente. Se non è possibile individuare un file locale, Equation Editor utilizza il file a livello di sistema che, generalmente, si trova nella sottodirectory lib di percorso Arbortext. Questo file contiene i valori predefiniti per gli utenti che non dispongono di un proprio file apteqn.cf.

Il file apteqn.cf viene scritto in ASCII e può essere modificato direttamente dall'utente. Il file è suddiviso in cinque sezioni principali:

La maggior parte delle sezioni si conclude con un'istruzione di terminazione corrispondente (ad esempio, :menu termina con :end_menu). L'unica eccezione è :version, che non richiede un'istruzione di terminazione poiché tutte le informazioni sono disponibili su un'unica riga.

In caso di errore durante la modifica delle impostazioni di un file apteqn.cf, è possibile eliminare il file e generarne un altro. Assicurarsi di avere a disposizione una copia di backup del file apteqn.cf di sistema.