Le equazioni vengono analizzate in Arbortext Editor come qualsiasi altro markup. Prima della release 6.0, le equazioni erano analizzate da Equation Editor e richiedevano l'istruzione di elaborazione <?Pub Eqn> prima del markup per l'equazione. A partire dalla release 6.0, tale istruzione di elaborazione non è più richiesta. Per garantire la compatibilità con le versioni precedenti, Arbortext Editor continua a scrivere l'istruzione di elaborazione prima delle equazioni.

Se la DTD include il frammento ati-eqn, l'elemento contenitore non dovrebbe richiedere contenuto. In caso contrario, verranno segnalati errori relativi alla mancanza del markup per l'equazione in un documento contenente PI.