Ogni equazione è preceduta dall'istruzione di elaborazione (PI) <?Pub Eqn>, visibile solo nel codice XML o SGML. Prima della release 6.0, le equazioni venivano analizzate da Equation Editor e richiedevano la presenza di questa istruzione di elaborazione prima del markup dell'equazione. A partire dalla release 6.0, questa istruzione di elaborazione non è più necessaria e le equazioni vengono analizzate allo stesso modo degli altri markup. Per garantire la compatibilità con le versioni precedenti, Arbortext Editor continua a scrivere l'istruzione di elaborazione prima delle equazioni.