Toute équation est précédée de l'instruction de traitement (PI) <?Pub Eqn>, qui n'est visible que dans la source XML ou SGML. Avant la version 6.0, les équations étaient analysées par l'Equation Editor et nécessitaient la présence de cette instruction de traitement avant le marquage de l'équation. Depuis la version 6.0, cette instruction de traitement n'est plus requise et les équations sont analysées comme le serait tout autre marquage. Arbortext Editor continue d'écrire l'instruction de traitement avant les équations à des fins de rétrocompatibilité.