Las carpetas de anotaciones se muestran en la vista en árbol del navegador Conjuntos de anotaciones. Al seleccionar una carpeta, se muestran vistas previas de imágenes reducidas de los conjuntos de anotaciones de la carpeta en la mitad inferior del árbol Conjuntos de anotaciones. Para trabajar con las carpetas de anotaciones, debe encontrarse en la vista en árbol. En las carpetas de anotaciones, puede realizar las siguientes operaciones:

No se puede mantener ninguna carpeta vacía en el árbol Conjuntos de anotaciones. Cuando se quitan todos los conjuntos de anotaciones de una carpeta, esta última se borra automáticamente.