すべての数式は、先頭に <?Pub Eqn> 処理命令 (PI) が付きます。これは XML ソースまたは SGML ソースを開かないと見えません。リリース 6.0 よりも前には数式は Equation Editor によって解析されており、この処理命令は数式のマークアップの前に書き込まれる必要がありました。リリース 6.0 からこの処理命令は不要になり、数式はその他のマークアップと同様に解析されるようになりました。Arbortext Editor では後方互換性のため、この処理命令が引き続き数式の前に書き込まれます。