El aspecto y la funcionalidad de la paleta de Equation Editor se controlan mediante un fichero denominado apteqn.cf que Equation Editor lee en el inicio. Para guardar los cambios realizados en la paleta se utiliza el comando Guardar configuración del menú Fichero. Este comando graba un fichero apteqn.cf privado en el directorio de datos de la aplicación. Normalmente es C:\Document and Settings\nombre_usuario\Application Data\PTC\Arbortext\Editor.

El fichero privado prevalece sobre el fichero público que se utiliza en el sitio. Para volver a la paleta por defecto, quite el fichero privado del directorio de datos de aplicación.

Para personalizar la paleta existen las siguientes posibilidades: