Windchill Integration for MES supporta una distribuzione che consente all'utente di integrare più istanze MES dove ciascun server MES rappresenta una singola istanza. Un target di distribuzione MES rappresenta un server MES. È possibile configurare più server MES creando più target di distribuzione di tipo MES.

Mediante la personalizzazione è inoltre possibile disporre di più target di distribuzione MES per un singolo server MES. In tal caso, al server MES viene consegnato un unico messaggio.