L'autenticazione basata su certificato di Microsoft Entra consente agli utenti di eseguire l'autenticazione con i certificati X.509. Durante l'accesso, gli utenti visualizzano anche un'opzione per l'autenticazione con un certificato, anziché l'immissione di una password. Se nel dispositivo sono presenti più certificati corrispondenti, un utente può scegliere quello da utilizzare. Il certificato viene convalidato rispetto all'account utente e, in caso di esito positivo, viene eseguito l'accesso.