Die zertifikatbasierte Authentifizierung (CBA) mit Microsoft Entra ermöglicht Benutzern die Authentifizierung mit X.509-Zertifikaten. Bei der Anmeldung wird Benutzern zusätzlich die Option angezeigt, sich mit einem Zertifikat zu authentifizieren, anstatt ein Passwort einzugeben. Wenn mehrere infrage kommende Zertifikate auf dem Gerät vorhanden sind, kann ein Benutzer auswählen, welches verwendet werden soll. Das Zertifikat wird anhand des Benutzerkontos validiert, und nach erfolgreicher Validierung wird der Benutzer angemeldet.