Durch Ausführen des Befehls Konfiguration speichern im Equation Editor Menü Datei wird unter Windows die Datei apteqn.cf bzw. unter UNIX die Datei .apteqn.cf in Ihr Anwendungsdatenverzeichnis geschrieben. Das Anwendungsdatenverzeichnis ist das Verzeichnis, in dem das Betriebssystem benutzerspezifische Daten speichert. Dieses Verzeichnis lautet in der Regel C:\Dokumente und Einstellungen\Benutzername\Anwendungsdaten\PTC\Arbortext\Editor.

Standardeinstellungen für das System können Sie ändern, indem Sie eine apteqn.cf-Datei mit den gewünschten Standardeinstellungen erstellen und sie im Unterverzeichnis custom\lib von Arbortext Pfad ablegen.