Eine der zentralen Funktionen von Windchill Workgroup Manager ist die Verwaltung abhängiger Beziehungen, die in CAD-Tools zwischen Modellen erstellt wurden. Diese Beziehungen bestimmen u.a., wie CAD-Dokumente für PDM-Operationen (Product Data Management) gesammelt werden und wie CAD-Dokumentstrukturen in Windchill dokumentiert werden, z.B. im Modellstrukturbericht. Die Definition der Baugruppenmitgliedschaft ist ein Hauptaspekt bei der Verwaltung von Abhängigkeiten.