Es ist wichtig, die Struktur von Windchill Ablagefächern/Ordnern sorgfältig zu planen und Windchill Benutzer anzuweisen, die Anzahl der Objekte (insbesondere der CAD-Dokumente) in den einzelnen Windchill Ordnern nicht über eine überschaubare Zahl hinaus anwachsen zu lassen. Beispielsweise bis zu einigen hundert CAD-Dokumenten. Bei einer zu großen Anzahl ist es für andere Benutzer schwierig, ein Objekt in einem Ordner zu suchen. Auch die Wartezeit beim Suchen verlängert sich, da die Informationen über die einzelnen Ordner extrahiert und an den Client übermittelt werden.