L'une des principales fonctionnalités de Windchill Workgroup Manager est la gestion des relations de dépendance créées entre les modèles dans les outils CAO. Ces relations déterminent entre autres la façon dont les documents CAO sont collectés pour les opérations PDM (gestion des données techniques), ainsi que la façon dont les structures de documents CAO sont rapportées dans Windchill, par exemple dans le Rapport sur la structure du modèle. La définition de l'appartenance à l'assemblage constitue l'aspect principal de la gestion des dépendances.