Eine andere Situation, die besondere Berücksichtigung verdient, ist der Fall, in dem zwei Änderungspakete aus verschiedenen Varianten angewendet werden müssen. Wenn nicht das richtige Verfahren verwendet wird, schlägt "Änderungspaket erneut synchronisieren" fehl, weil zu viele Zusammenführungen erforderlich sind.

Beispiel: Das Masterprojekt enthält die Datei patch.c in Revision 1.4. Das vom Ersteller verwendete Variantenprojekt enthält eine Korrektur (patch.c, Revision 1.2.1.2, Änderungspaket 9:1), die für einen Produkt-Patch eingeführt wird. Das Variantenprojekt für das Wartungsentwicklungsteam enthält ebenfalls eine Programmierfehlerkorrektur für patch.c in Revision 1.3.1.2, und diese Revision ist Änderungspaket 10:1 zugeordnet. Beide Korrekturen sind für das Masterprojekt erforderlich.

Es gibt nur zwei Möglichkeiten, das oben aufgeführte Szenario ohne Einschränkungen erfolgreich abzuschließen: Sie müssen manuell vorgehen oder "Änderungspaket erneut synchronisieren" und "Änderungspaket anwenden" zweimal ausführen (einmal für jedes Änderungspaket), wobei nach jeder Operation die zusammengeführten Änderungen in der Head-Revision geprüft werden müssen.