目錄也會以 PDF 書籤樹的形式顯示。這可透過 defaultPresentationToc.xsl 樣式表建立，該樣式表可處理選取以進行大量列印及作為 toc-root / toc-node XML 標示提供之文件的清單。針對內容目錄與 PDF 書籤產生，會使用相同的標示。

書籤透過對於 insert-bookmarks 的指定範本呼叫新增，且符合 XSL FO 1.1 標示慣例。但是，由於 XSL FO 引擎支援包括 PDF 內容，因此元素 fo:bookmark 在 http://www.enigma.com/Styling 命名空間中有兩個額外的屬性 (通常與前綴 stl 相關聯)。這些屬性可用於目標 PDF 文件與 PDF 文件內的位置 (分別是 stl:pdf 與 stl:pdf-loc)。