Arbortext IsoDraw 會以 CMYK 模型為基礎來建立顏色，這也是四色印刷的領域中所使用的程序。此模型會以不同比例套印四個主要顏色：青色 (C)、洋紅色 (M)、黃色 (Y) 與黑色 (K)，以產生不同的顏色。為了讓主要顏色能夠在個別的列印過程中列印，顏色繪製必須先分解成四個個別的分色 (每個主要顏色對應一個)。此程序稱為分色。從四個主要顏色衍生出來的混合顏色組合稍後可以分成個別的印刷色分色，稱為 CMYK 印刷色。

您也可以使用 RGB 顏色系統來建立您的顏色。RGB 顏色系統可用來在螢幕上描繪顏色。RGB 顏色是將三種主要顏色 (紅色 (R)、綠色 (G) 與藍色 (B)) 結合所建立的。Arbortext IsoDraw 可以將以 RGB 顏色系統建立的顏色轉換為 CMYK 印刷色或自訂顏色。

當您要在線上說明文件中使用彩色插圖時，您尤其應該使用 RGB 顏色系統。如果您需要高列印品質，那麼則應該選擇 CMYK 印刷色。

除了建立 CMYK 模型或 RGB 顏色系統的顏色以外，Arbortext IsoDraw 也可以讓您根據 CMYK 模型定義自訂顏色。自訂顏色 (也叫做完全色調顏色、特殊顏色、點顏色與實色) 可以在印表機中作為標準化、已混合好的列印墨水使用。例如，如果列印結果包含少於四種的不同顏色，則可以使用自訂顏色。這會減少分色與列印執行的次數，進而降低列印成本。還有一些無法從四種印刷色中有效產生的顏色。在分色程序中，會針對每一個自訂顏色建立個別的分色。

「色調」是在 Arbortext IsoDraw 中定義顏色的另一選項。色調並不是它們本身的顏色，只是已定義的顏色的強度修改 (0-100%)。

由於顏色是使用 RGB 顏色系統在監視器上描繪的，使用 CMYK 模型建立的顏色的螢幕表示通常將會與後續的列印結果多少有些差異。

Arbortext IsoDraw 支援彩色印表機。在 Arbortext IsoDraw 中不可能直接分色；相反的，您必須以 EPS 格式匯出工程圖，然後將它整合到例如含有分色功能的配置程式中，或使用特殊的分色程式來輸出它。

如果您已針對顏色使用 RGB 模型，您仍可印出工程圖。顏色會由印表機轉換成 CMYK 顏色。但是，列印的顏色很可能會與螢幕表示中的顏色不同。