È possibile anche modificare le preferenze in generale. Chiudere tutte le finestre e selezionare Modifica > Preferenze. Se si conferma con OK, le modifiche apportate vengono salvate in un file. Queste preferenze vengono scritte in un file denominato IsoDraw Preferences. Alla fine di questa sezione sono riportate informazioni più dettagliate su dove è possibile trovare questo file nel computer.