En Engineering Notebook, es posible personalizar la forma en que se gestionan las unidades mediante la creación de un sistema de unidades propio. Si bien Engineering Notebook proporciona tres sistemas de unidades estándares (SI, USCS y CGS), existe la posibilidad de definir una cuarta opción, llamada sistema de unidades Personalizado. De este modo, es posible adaptar las unidades que se utilizan en los cálculos para que coincidan con los requisitos específicos del usuario.

Para definir un sistema de unidades personalizado, seleccione uno de los tres sistemas de unidades integrados como base para la configuración personalizada. A partir de ello, se puede ajustar al seleccionar unidades base y derivadas propias. Por ejemplo, se puede remplazar la unidad de metros por pulgadas como unidad de longitud por defecto mientras se conservan las demás unidades, como kilos para masa o segundos para tiempo.

Al crear un sistema de unidades personalizado, el usuario controla las reglas de simplificación. Estas reglas permiten determinar cómo se expresan los resultados en términos de unidades. Por ejemplo, para que Engineering Notebook simplifique automáticamente 1/s a Hz, se puede añadir Hz a la lista de unidades derivadas. Todo resultado que tenga dimensiones de 1/s se muestra automáticamente como Hz. También es posible quitar reglas de simplificación para que el resultado permanezca en unidades base. Puede haber el número de reglas de simplificación que sea necesario, aunque una regla puede desestimar otra. La última regla aplicada tiene prioridad.

Si bien existe mucha libertad a la hora de elegir y definir unidades, no es posible eliminar las cotas base principales, como por ejemplo, longitud, masa o tiempo, ya que estas se necesitan para cualquier sistema de unidades. Además, las unidades funcionales (DMS, FIF y hhmmss) o las unidades de escala para temperatura (°C o °F) no están disponibles; para la simplificación por defecto solo se pueden usar unidades multiplicativas.