I margini orizzontali e verticali nel disegno generato da HMX possono essere personalizzati rispettivamente mediante le caselle di testo Orizzontale (Horizontal) e Verticale (Vertical).

I margini orizzontali definiscono la larghezza dei margini sinistro e destro del disegno dallo spigolo della maschera di disegno.

Il margine verticale definisce l'altezza dei margini superiore e inferiore del disegno dallo spigolo della maschera di disegno.

Per default, per i margini viene utilizzato un valore di 15 millimetri o 0.50 pollici.