Cuando se ejecuta el comando Guardar configuración del menú Equation Editor Fichero, se grabará el fichero apteqn.cf de Windows o el fichero .apteqn.cf de UNIX en el directorio de los datos de la aplicación. El directorio de datos de la aplicación es el directorio en el que el sistema operativo almacena los datos específicos del usuario. Normalmente es C:\Document and Settings\nombre_usuario\Application Data\PTC\Arbortext\Editor.

Las opciones por defecto del sistema se pueden modificar creando un fichero apteqn.cf en el que se incluyan dichas opciones por defecto y colocándolo en el subdirectorio custom\lib de ruta-Arbortext.