Todas las ecuaciones van precedidas por la instrucción de procesamiento (PI) <?Pub Eqn>, que sólo está visible en el origen XML o SGML. Antes de la versión 6.0, Equation Editor analizaba las ecuaciones y era obligatorio que esta instrucción de procesamiento estuviera presente antes del marcador de la ecuación. A partir de la versión 6.0, la instrucción de procesamiento ya no es obligatoria y las ecuaciones se analizan como cualquier otro marcador. Arbortext Editor sigue grabando la instrucción de procesamiento antes de las ecuaciones para proporcionar compatibilidad con versiones anteriores.