Vor jeder Gleichung bzw. Formel befindet sich die Verarbeitungsanweisung (PI) <?Pub Eqn>, die nur im XML- bzw. SGML-Quellformat zu sehen ist. Vor der Version 6.0 wurden Formeln von Equation Editor geparst und erforderten, dass die Verarbeitungsanweisung vor dem Formel-Markup vorhanden war. Ab Version 6.0 ist diese Verarbeitungsanweisung nicht mehr erforderlich, und Formeln werden ebenso wie anderes Markup geparst. Arbortext Editor stellt Gleichungen die Verarbeitungsanweisungen auch weiterhin voran, um die Abwärtskompatibilität mit früheren Versionen zu gewährleisten.