每個方程式前面都加有 <?Pub Eqn> 處理指示 (PI)，唯有在 XML 或 SGML 來源中才看得見此 PI。在 6.0 發行版本之前，方程式由Equation Editor進行語法分析，而且需要此處理指示存在於方程式標示前。 從 6.0 發行版本開始，將不再需要該處理指示，而且會像其他任何標示一樣對方程式進行語法分析。 Arbortext Editor 會繼續在方程式前寫入處理指示，以達到向後相容的目的。