Si une annotation fait partie d'un élément d'annotation, elle peut devenir inactive si toutes ses références faibles sont perdues. Par exemple, si un élément d'annotation intègre une note et que celle-ci est attachée aux deux arêtes, ces deux arêtes sont des références faibles. Si l'une des arêtes a été chanfreinée plus loin dans la séquence de régénération, cette référence est perdue et la ligne de repère qui était attachée à cette arête n'est pas affichée. La note possède uniquement une ligne repère, attachée à la deuxième arête. Toutefois, si la deuxième arête est également perdue, la note perdra sa dernière ligne repère restante et deviendra inactive.

Les annotations inactives sont visibles dans l'arbre du modèle mais elles ne sont pas affichées à l'écran.